Le chat choisit généralement un ou plusieurs sites d'élimination. Il calque généralement ses habitudes sur l'exemple donné par sa mère.
La plupart des chatons commencent à apprendre la propreté dès l'âge de 4 semaines, ils sont alors très enclins à creuser le substrat de la litière. Le lien entre le substrat et l'élimination s'établit progressivement. La préférence des chats va souvent à des substrats assez fins et à des bacs à litière de taille suffisante (1,5 fois la longueur du chat).
Il faut également garder à l'esprit que le bac à litière représente une ressource importante dans l'environnement du chat, qui peut faire l'objet de conflits et de rivalités entre les chats d'une même maison, surtout si l'un des chats décide d'en interdire l'accès aux autres. En général, l'accès à un bac à litière doit être facilité, en prodiguant au moins une litière par chat, et autant de litières qu'il y a d'étages, sous peine de voir le chat choisir un autre lieu d'élimination, souvent inapproprié aux yeux de son propriétaire.
Lors de l'élimination, le chat adopte une séquence comportementale particulière : il commence par creuser, puis s'installe en position assise et urine ou dépose des selles dans le trou précédemment créer. Ensuite, il peut recouvrir les selles et les urines.
Généralement, les selles émises en périphérie du territoire du chat ne sont pas recouvertes. Il avait été évoqué un rôle possible de communication par dépôt d'excréments visibles. Le message ainsi créé impliquerait une réaction particulière du receveur à qui il est destiné, or, la rencontre de ces selles par d'autres chats ne semble pas influencer leur comportement. Le recouvrement des fèces au centre du territoire pourrait servir simplement à limiter les odeurs et les parasites.
Concernant les mictions, il existe une autre séquence comportementale correspondant à du marquage urinaire, et s'apparentant davantage à une forme de communication qu'à de l'élimination, l'urine émise étant en petites quantités.
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